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过滤后的啤酒，由于还含有少量的活酵母或可能含有少量的杂菌，为保证啤酒的生物稳定性、延长啤酒保质期，灌装瓶或罐的啤酒，必须要经过一个灭菌过程。因为啤酒含有CO2气体、瓶颈空气、溶解氧和一定量的还原性物质，且啤酒本身是一种不稳定的胶体溶液，所以应在最低的杀菌温度和最短的杀菌时间下完成杀菌过程，以免对啤酒的质量产生较大的影响。因此，啤酒灭菌一般采用巴氏灭菌法。
巴氏灭菌法是在60℃加热维持1min的热处理为1个巴斯德杀菌单位（即1Pu）。类似酵母之类的菌体营养细胞的致死值为5～6个Pu值，但是，由于受包装容器的传热（例如厚壁玻璃瓶）速度和酒液本身传热速度的影响，考虑到灭菌的安全性，对用玻璃一类热的不良导体作为包装容器的，应控制20Pu左右，对于金属一类包装容器则采用10~15Pu，即可达到有效的灭菌效果。
控制好啤酒的灭菌过程应注意以下问题：
1、杀菌热水的温度应高过啤酒杀菌温度2～3℃，否则会影响加热啤酒的速度和传热效果，但这个温差也不宜太大，以防发生局部过热。
2、必须保持加热、杀菌、冷却3个温度区温度的稳定，温度变化的幅度，在加热、冷却区不应超过5℃，在杀菌区不应超过2℃（±1℃），这3个温度区的温度控制最好有温度自控装置和自动记录装置，没有条件的企业，也应指派专人管理各个温度区的温度，并定时作好记录，防止温度忽高忽低。
3、啤酒在杀菌区的温度与时间必须正确掌握。杀菌温度过高，一是不仅会使啤酒中含有不稳定的高分子蛋白质凝固析出，形成一丝丝的絮状物；二是会加剧氧对啤酒成分的氧化作用，例如氧化多酚和一些风味成分，使啤酒产生涩味与老化味，同时可能使啤酒的色泽变深，高温还会使CO2的溶解度降低，CO2的大量溢出会使瓶内压急剧升高而引起瓶子的爆裂，增加瓶损与酒损。杀菌温度过低，则达不到杀菌效果，引起生物混浊。所以，杀菌区的水温应控制在62±1℃。此外，杀菌区时间的控制也十分重要，按理论要求，啤酒的有效杀菌时间为60℃、6min，考虑到瓶啤酒从加热区（为35~40℃）进入杀菌区后需要的升温时间以及玻璃瓶与静置啤酒的传热速度，实际在杀菌区的停留时间为20min右右。
4、啤酒的加热，应逐步提高温度，以灌装温度（4℃）提高到杀菌温度（60℃）应至少分为三段，即从4℃提高到30~35℃，再提高到50~55℃，然后升到60℃保温杀菌，加热速度过快（或者是加热啤酒的温度太高)，不仅会使玻璃瓶外侧与内侧的温差过大，超过了瓶子的温差耐受范围，造成瓶子的破裂，而且会使瓶中心与瓶边缘的温差过大，形成薄层湍流而影响啤酒的传热。啤酒的冷却也应注意逐步降温，否则同样易造成瓶子爆破，但降温速度可比升温稍快些，以免啤酒长时间处于较高温状态下，发生过度氧化。
5、在实际生产中的巴氏灭菌过程，时间往往是比较长的，因为啤酒的灌装温度一般不超过4℃，这样，生产中的巴氏灭菌过程包括了从4℃逐步升温到60℃，在60℃温度下的保温，从60℃逐步降温到30~35℃ 8个阶段，总耗时需1小时左右。
各啤酒生产企业所生产的瓶装啤酒温热杀菌的Pu值不尽相同，如国外一些啤酒企业，常采用较低Pu值如15~20Pu。国内一些企业常采用20~25Pu，有的在夏天采用的Pu值更高。杀菌时应注意综合考虑影响Pu值的两个因素，即温度和时间，严格的说，不同啤酒应有不同的适宜的Pu值，现在较广泛采用“随行温度记录器”实测和记录瓶内酒温在杀菌过程中温度的变化，依此换算出Pu值。
Pu＝T×1.393 ^（t-60）
其中：T---在某温度下消毒所维持的时间（min）
t---热消毒温度（℃）
Pu---巴氏消毒单位值
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